Kinh đô Tokyo từng được biết đến là Edo, có nghĩa là cửa sông[5]. Thành phố được đổi tên thành Tokyo (東京 Tōkyō: 東 tō (Đông) + 京 kyō (Kinh)) khi nó trở thành kinh đô của vương triều thời Minh Trị vào năm 1868, phù hợp với truyền thống Đông Á bao gồm từ 'thủ đô' (京) trong tên của thành phố thủ đô (như Kyoto (京都), Bắc Kinh (北京) và Nam Kinh (南京)). Trong tiếng Nhật, Tōkyō hay Toukyou ("Đông Kinh")[6][7] có nghĩa là "Kinh đô ở phía đông".[8] Trong suốt triều vua Minh Trị, thành phố được gọi là "Tōkei"[9], do chữ "Kinh - 京" có 2 cách đọc theo On'yomi (âm Hán-Nhật) là "kyou - きょう" và "kei - けい". Một vài tài liệu chính thống bằng Tiếng Anh còn sót lại tới ngày nay vẫn sử dụng cách đọc "Tokei", tuy nhiên cách phiên âm này hiện không còn được dùng nữa.[10]

Cái tên Tokyo được đề xuất lần đầu tiên vào năm 1813 trong cuốn sách Kondō Hisaku (Kế hoạch bí mật về giao dịch), được viết bởi Satō Nobuhiro. Khi Ōkubo Toshimichi đề xuất đổi tên trong thời kỳ Duy tân Minh Trị, theo Oda Kanshi (織田完之) ông đã có ý tưởng từ cuốn sách đó.